Dans le monde de 1913, un homme d'Eglise à été sauvagement agresser. Sa fille unique, l'accompagnant est porter disparut...

Un mois plus tard, dans l'obscurité de la nuit, un Train avance vers la destination de Fengtian, une petite troupe de soldats ont comme mission de ramener une jeune femme dont la tristesse se lit dans ces yeux qui, observe le paysage défiler à toute vitesse.
Dans le silence funèbre du wagon, un cri ce fait bientôt entendre suivis de nombreux autres, ce sont tous des râles d'agonie. Le responsable du carnage, un homme d'un certain âge à la chevelure grisonnante, ne semble être arrêté par aucun des soldats qui, mourant petit à petit, baignent dans leurs sangs.

"Oh, c'est vous" lance la jeune femme, une lueur de panique dans ces yeux d'un bleu saphir lorsque le capitaine se fait tuer sous ces yeux.

L'homme est ravi de voir qu'elle se souvient de lui, et se présente : Roger Bacon, un nom dont vous vous souviendrez. C'est alors qu'un nouveau comédien comme le dit si bien Roger arrive. L'homme tue le monstre assassin et replace son bras qui avait été couper lors du précèdent assaut du monstre.
Décidant d'attaquer Roger qui semble endormir la jeune femme, il se fait expulser violemment dans plusieurs wagons dont il se relève quelque minute plus tard, un petit rire.

En parcourant le train, vous rencontrez plusieurs cadavres de soldats tuer par Bacon. Vous retourner dans le précèdent wagon et devinez en voyant le trou au plafond que Bacon est en train de s'enfuir.
Arriver sur le toits un combats avec Bacon est inévitable, lors de ce combats l'homme lui montre qu'il possède l'étonnante particularité de pouvoirs, en effets vous fusionnez avec les âmes des monstre que vous avez vaincu. Perdant, vous ne devez le salut qu'à l'intervention du pendentif de la jeune femme qui éblouit Bacon.
Vous profitez de ce moment pour lui assener un coup dans la tête et vous enfuir avec la fille inconsciente.

L'histoire de Shadow Hearts peut débuter...